El nombre del municipio no tiene un origen claro aunque hay dos hipótesis sobre el mismo, tras su aparición ya en la Baja Edad Media, primera mitad del siglo XIII.
 
   Una de ellas, vincula desde antiguo el nombre con el lugar que ocupaban, en los siglos XV-XVI,  las casas de Diego González Primo, donde había, según dicen, un colmenar y cerca de éste tenía su morada un anciano. Próximo a este lugar pasaba el camino de Alcalá de Henares a Segovia, que cruzaba el Manzanares por los puentes Grajal y Nuevo.

   La otra teoría habla de la época de fundación del lugar, como el más antiguo de los bautizados con el mismo nombre, es decir, de todos los Colmenar fundados en la actual provincia de Madrid y provincias cercanas, como Guadalajara, el Colmenar Viejo es el de mayor antigüedad, el más viejo, frente a otros como Colmenar de Oreja, Colmenarejo, Colmenar del Arroyo, Colmenar de la Sierra, etc.